home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Shareware Overload Trio 2 / Shareware Overload Trio Volume 2 (Chestnut CD-ROM).ISO / dir26 / med9408c.zip / M9480514.TXT < prev    next >
Text File  |  1994-08-20  |  2KB  |  36 lines
  1.        Document 0514
  2.  DOCN  M9480514
  3.  TI    The effect of physical organic properties on hydrophobic fields.
  4.  DT    9410
  5.  AU    Abraham DJ; Kellogg GE; Department of Medicinal Chemistry, Medical
  6.        College of Virginia,; Virginia Commonwealth University, Richmond
  7.        23298-0540.
  8.  SO    J Comput Aided Mol Des. 1994 Feb;8(1):41-9. Unique Identifier : AIDSLINE
  9.        MED/94308823
  10.  AB    Physical organic structural properties of small molecules and
  11.        macromolecules such as bond count, branching and proximity between
  12.        multiple polar fragments contribute significantly to measured
  13.        hydrophobicity (log P). These structural properties are encoded in the
  14.        Rekker and Leo methods of calculating log P as structural-dependent
  15.        factors. Regardless of the size of the atom primitive set, methods
  16.        predicting log P with only atom primitives can miss subtle structural
  17.        detail within series of related compounds. The HINT (Hydropathic
  18.        INTeractions) model for inter- and intramolecular noncovalent
  19.        interactions calculates atom-based hydrophobic constants, but uses all
  20.        Leo-type factors in the calculation rather than a large set of atom
  21.        primitives. Two types of applications of HINT are discussed: evaluation
  22.        of the binding of an inhibitor (A74704) to HIV-1 protease, where it is
  23.        shown that modeling of the protonation state (i.e., Asp25, Asp125) in
  24.        the protein can strongly influence perceived substrate binding; and the
  25.        use of HINT to calculate a third (hydropathic) field for CoMFA can yield
  26.        a statistically enhanced and predictive model for molecular design.
  27.  DE    *Chemistry, Physical  *Computer Simulation  Hydrogen Bonding  HIV
  28.        Protease/METABOLISM  HIV Protease Inhibitors/METABOLISM  *Models,
  29.        Molecular  *Molecular Structure  Protein Binding  Software  Sugar
  30.        Alcohols/METABOLISM  Valine/ANALOGS & DERIVATIVES/METABOLISM  Water
  31.        JOURNAL ARTICLE
  32.  
  33.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  34.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  35.  
  36.